در دنیای امروز توسعه کمی وکیفی مؤسسات خیریه امری کاملا ضروری است، زیرا دولت ها به تنهایی نمی توانند پاسخگوئی نیازهای فزاینده کشور باشند، مؤسسات خیریه می توانند بازوی توانائی برای دولت و یار غمخوار و توانمندی برای اقشار آسیب پذیر باشند، بشرط آنکه به چالش ها و راهکاری سامان دهی آنها که به برخی از آنها اشاره می شود، توجه شود.

1. حداقل سه دستگاه وزارت کشور، سازمان بهزیستی کشور و نیروی انتظامی با روشهای متفاوت در امر صدور جواز تاسیس مؤسسات خیریه دخالت دارند و هر یک به استناد قوانین یا ضوابطی عمل می نمایند و هیچ تفکیک و طبقه بندی و تقسیم وظایف هم تعریف نشده است، که امری کاملا اشتباه است و معلوم نیست چرا با این روش عمل می شود. این روش چالش های بسیار دیگری در فرایندهای اجرائی و خدمت رسانی و ارزیابی عملکرد ایجاده کرده و می کند و باعث سوء استفاده احتمالی برخی ها و سرگردانی مردم و اهل خیر می شود، اولین اولویت دولت بایستی ساماندهی این موضوع باشد.
2. اصلاح ضوابط مورد عمل دستگاههای متولی در فرایند صدور جواز تاسیس مؤسسات خیریه کاملا ضروری است البته بایستی تقدیر نمائیم از اقدام شایسته وزارت رفاه در تشکیل کارگروه مناسبی از خبرگان مؤسسات خیریه و سازمان بهزیستی کشور، که چندین جلسه و چند ماه، زمان صرف نمودند تا ضوابط موجود اصلاح شود، امیدوارم نظرات مؤسسات خیریه مورد عنایت قرار گیرد.
3. عدم مشارکت مؤسسات خیریه در فرایندهای برنامه ریزی، تصمیم گیری و روش های اجرائی، صدور جواز، شیوه خدمت رسانی و نظارتی و ارزیابی مؤسسات خیریه چالشی دیگر می باشد.اگرچه در سیاست های جدید دولت موضوع مشارکت مؤسسات خیریه بصورت جدی تری مورد عنایت قرار گرفته است، لیکن بایستی این موضوع علاوه بر سطوح کلان تصمیم گیری در ردههای عملیاتی و اجرائی آنجا که مؤسسات خیریه مستقماً با دستگاههای اجرائی همکاری دارند. تعریف شود، و مورد عنایت قرار گیرد.
4. همه ساله در بودجه سالیانه کشور منابعی برای حمایت از مؤسسات خیریه و تشکل های اجتماعی پیش بینی می شود علاوه بر ضرورت شفاف سازی چگونگی هزینه کرد آن، بایستی این موضوع در جلساتی با حضور نمایندگان فرهیخته ای از مؤسسات خیریه برنامه ریزی گردد و بر اجرای آن نظارت شود.
5. تحولات اقتصادی و اجتماعی در عرصه های مختلف، امور خیرخواهی و نیکوکاری را هم تحت تأثیر قرار داده است و جهان به سرعت به سمت تخصصی شدن پیش می رود. مؤسسات خیریه ای که با وجود محدودیت منابع و امکانات، اهداف و وظایف اجتماعی متعددی را می پذیرند و قصد خدمت رسانی دارند چندان موفق نخواهند بود، لذا بایستی مسئولین به گونه ای برنامه ریزی و سازماندهی نمایند تا هر مؤسسه خیریه در یکی دو زمینه و موضوع معین وارد عرصه خدمت رسانی شود.
6. عدم وجود بانک اطلاعات منسجم و فراگیر، از چالش های مهم کشور در موضوع مؤسسات خیریه و خدمت رسانی آنان می باشد زیرا اطلاعات صحیح و قابل اعتمادی که بتواند مبنای برنامه ریزی قرار گیرد وجود ندارد، به همین دلیل نمی توان با اطمینان کافی به آمار عملکرد ها و خدمت رسانی ها توجه کرد و مبنای تصمیم گیری قرار داد.
7. ارتباط مؤسسات خیریه با دستگاههای دولتی نشانگر یک داد و ستد مساوی و تعاملی نیست، بلکه بنابر سلیقه و روش و نگاه مسئولین به موضوع فعالیت نهادهای اجتماعی متفاوت است. نهایتاً اینکه یک مشارکت مساوی نیست. نگاه دستگاههای دولتی نباید یک نگاه از بالا به پایین وکارفرمائی و فرماندهی باشد.
8. وجود فرایندهای طولانی و درخواست ارائه اسناد و مدارک برای تأسیس مؤسسات و اداره آن می تواند از فعالیت تشکل های خیریه ای و اجتماعی بکاهد و کم رونق سازد.
9. خدمت رسانی یک امر تخصصی است تنها نگاه خوب و دیندارانه کافی نیست، کار مهم مسئولین دولتی آموزش شیوه های خدمت رسانی و چگونگی مواجه با مردم و تکریم انسانها و معرفی مدیران لایق برای اداره مؤسسات خیریه است.
10. شیوه های جذب مشارکت مردمی و دریافت کمک های اهل خیر و ارائه گزارش از چگونگی این جذب و هزینه ها بسیار قدیمی است، نیازمند یک برنامه ریزی جدید و آموزشی دست اندرکاران امور خیریه می باشد.