بهره‌گیری موسسات خیریه و عام‌المنفعه از معافیت موضوع بند (ط) ماده 139 قانون مالیات‌های مستقیم، علاوه بر سایر شرایط مصرح در قوانین و آیین‌نامه‌های مربوط،‌ منوط بر نظارت سازمان امور مالیاتی کشور بر درآمد و هزینه این دسته از موسسات است. به علاوه برخورداری از معافیت‌های مالیاتی مذکور در تبصره (1) ماده 139 ق.م.م برای وجوهی که از فعالیت‌های غیر انتفاعی و به منظور پیشبرد اهداف و وظایف اشخاص موضوع ماده 139 ق.م.م و در چارچوب اساسنامه آنها تحصیل می‌شود، ‌نیز مستلزم نظارت سازمان امور مالیاتی کشور بر درآمد و هزینه آنان است. بنابراین نظر به آثار اجتماعی و اقتصادی معافیت‌های مالیاتی اعطایی به این مؤسسات ضروری است که نظارت‌های لازم به گونه‌ای دقیق و شفاف اعمال شوند. به همین منظور، دستورالعمل حاضر ضمن تعیین فرآیند انتخاب نظار، چگونگی نظارت بر درآمد و هزینه موسسات موصوف را نیز تبیین می‌نماید.