عدم اتکاء منابع مالی مؤسسات خیریه به بودجه های دولتی یا بنگاههای اقتصادی پایدار،چالش مهم مؤسسات خیریه است.این مهم اصل برنامه ریزی منسجم را با مشکل مواجه می سازد،زیرا ارائه خدمات و انجام تکالیف پذیرفته شده و اجرای تعهدات و حمایت های وعده داده شده این مؤسسات به جامعه هدف آنها که از اقشار آسیب پذیر جامعه می باشند را با تنگنا و ناکامی مواجه می سازد.زیرا مؤسسات خیریه آخرین پایگاهی هستند که اقشار آسیب پذیر به امید دریافت کمک و مساعدت به آنها مراجعه می نمایند.